Chương trình thường tổ chức vào các ngày cuối tuần, giai đoạn từ tháng 05 đến tháng 07 hằng năm. Chương trình nhận đổi sách các loại, giấy vụn, thùng carton, báo,…để đổi lại cây sen đá, cây mini các loại và các sản phẩm thân thiện môi trường. Sau đó sẽ tiến hành phân loại nguồn thu, cụ thể đối với sách giáo khoa sẽ phân bộ theo lớp tặng cho học sinh vùng khó, sách khác và truyện tùy thuộc từng loại sẽ tổ chức phân loại kĩ càng nhằm bổ sung đầu sách vào Dự án Tủ sách Bồ câu trắng thực hiện tủ sách cho các lớp, trường học vùng khó, mái ấm mồ côi – khuyết tật, trung tâm bảo trợ xã hội, bệnh viện,…; còn giấy sẽ bán để tái chế và gây quỹ.

Vì tình hình dịch bệnh nên BTC Chương trình "Đổi sách lấy cây" Năm 2021 đã giảm số điểm đổi giai đoạn 02 còn 10 điểm. Vì vậy Giai đoạn 2 chương trình sẽ được tổ chức trong Tháng 6 (ngày 05, 06, 12, 13, 19, 20, 26, 27) và tháng 07 (ngày 03, 04, 10, 11, 17, 18) tại 10 điểm tại Tp. Pleiku, tỉnh Gia Lai.